5. 画出概率密度图
new
from pymatgen.analysis.diffusion.aimd.pathway import ProbabilityDensityAnalysis
from pymatgen.core.trajectory import Trajectory
from pymatgen.io.vasp.outputs import Xdatcar
from pymatgen.analysis.diffusion.analyzer import DiffusionAnalyzer
traj=Trajectory.from_file('XDATCAR')
diff=DiffusionAnalyzer.from_structures(traj,'Li',300,2,1)
pdb=ProbabilityDensityAnalysis.from_diffusion_analyzer(diff,interval=0.5,species=('Li'))
pdb.to_chgcar('CHGCAR.vasp')
from pymatgen_diffusion.aimd.pathway import ProbabilityDensityAnalysis
from pymatgen.core.trajectory import Trajectory
from pymatgen.io.vasp.outputs import Xdatcar
from pymatgen.analysis.diffusion_analyzer import DiffusionAnalyzer
traj=Trajectory.from_file('XDATCAR')
diff=DiffusionAnalyzer.from_structures(traj,'Li',900,2,1)
pdb=ProbabilityDensityAnalysis.from_diffusion_analyzer(diff,interval=0.5,species=('Li'))
pdb.to_chgcar('CHGCAR.vasp')
3. lammps分子动力学使用
1.lammps使用详解
lammps读取设置的方式与vasp不同，vasp是计算之前全部读取，而lammps是逐行读取，在读取每一行后都会进行相应的操作，输入文件读取完毕，lammps结束
1. in.lmp
运行lammps使用 -in -in.file
lammps的命令行区分大小写
#号不要乱用
命令分类
建模
相互作用
fix加模拟条件
计算的命令 (处理数据)
控制输出的命令 （热力学 、坐标、速度）
初始化、
系统定义、
模拟设置、
运行与输出
2.初始化命令
1.newton
控制通信
在read_data 或者create_box后，不能修改 ，默认为on
2.package
对不同的机器进行加速？ 需要设置在顶部
3. processors
多进程的命令
4. suffix
5. units(重要)
指定文件中的单位
metal符合常规的理解
设置为metal时，默认的时间步长为1fs
需要在设置模拟的模型之前设置 默认为lj 。==需要修改为metal==
3.构建模型的命令
1. boundary（重要）
boundary x y z
设置在不同方向上的边界条件
p是周期性边界条件 可以设置为两个字母，分别对上下两个表面设置。设置p只能为一个字母。
- 算成核时可以不带周期性边界条件
默认为p p p
2. change_box
修改盒子
3. dimension
设置模拟的维度
4. create_box
创建盒子
5. lattice
6. atom_style（重要）
4.输出热力学信息的命令
thermo 1 #每一步输出一次
thermo_style custom step time temp pe lx ly lz #custom是自定义的意思
5.模拟的设置
velocity all create 600 87232
dump 1(第几个命令) all custom 100 A.lammpstrj id type xu yu zu fx fy fz
输出每一步的情况
fix 1 all nvt temp 600 600 100*dt
run 10000
dump command — LAMMPS documentation
用一个正交的格子把三斜格子包围起来，
前两列是正交格子的边界，第三列应该是投影值
6.$(temp)控温器频率的设置
既不能太大（会导致升温出问题）也不能太小（控制太严格，没法跑）
对于大胞应该减小频率的值
路径/public/home/liz/workspace/5_bigmodel_md/test/tdamp
111胞
0.001
0.01
0.1
1
10
100
1000
333胞
0.001
0.01
0.1
1
10
100
1000
666胞
0.001
0.01
0.1
1
10
100
1000
路径 /home/jildxwlxyljlstdui/cccs-share02/lijx/liz/2-Na-X-Si-O/2_NaXSiO_big_model/3_md_for_single_element/13_Sm/1000_444
0.5
10
50
100
1000
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