NPT系综中的msd
周期性边界条件既可以看作环边界，也可以看作重复的无限大晶格。
==有两个问题，一个是压力浴带来的原子人为位移，另一个是反折叠轨迹过程中出现的误差积累==
- npt分子动力学中由于unwraped引起的误差积累，下面两篇文章都讨论了
Systematic errors in diffusion coefficients from long-time molecular dynamics simulations at constant pressure
Unwrapping NPT Simulations to Calculate Diffusion Coefficients
距离中心格子越远的格子，其晶格收放导致的原子位移会逐渐变大，随着越远，理论上是无限制的
当离子跨过边界时，在轨迹尚且距离中心盒子比较近时，按照NVT的方法（判断当前步中离子坐标与还可以标定出去，但是当离开中心盒子几个盒子之后，此时发生一次晶格收放后，离子本身有很大的位移，无法判断是否是由于跨过了边界还是由晶格收放导致的
但是wraped的方法得到的图像总是正确的，因为wraped下的坐标是相对的
在做npt分子动力学时，要注意所使用软件用到的unwraped方法，不清楚lammps的unwraped的方法是什么样的
==lammps NAMD反折叠的轨迹不能用来计算NPT的扩散系数！！！==
- NPT系综没有动量守恒的要求，关于npt系综中计算msd的问题，有由压力浴导致的对原子的人为移动，在计算msd时应该消除这种膨胀过程导致的msd
在NPT系综中，有一个压力浴，压力浴会动态的调整晶胞的大小来确保压力的稳定。晶胞中的离子会有两种位移，一种是按物理规律演化带来的位移，另一种是在晶胞中保持相对位置而产生的位移
https://matsci.org/t/lammps-users-ensembles-msd-calculation-in-lammps/5103
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