待学习内容

1. 使用variable的index进行多次重复模拟

variable 命令

LAMMPS 学习笔记之 variable 命令 - 知乎 (zhihu.com)

在LAMMPS中，variable命令用于定义一个变量，该变量可以在后续的输入文件中被引用，以设置参数的值。变量可以是一个常量、一个表达式、一个字符串或者一个索引值。它们可以在许多LAMMPS命令中使用，提供了一种灵活的方式来设置和修改参数，尤其是在需要参数化输入文件或者进行参数研究时非常有用。
variable命令的基本语法如下：

variable name style value

其中：

• name 是变量的名称，用于后续引用。
• style 是变量的类型或样式，决定了变量如何被解析和计算。
• value 是变量的值，可以是数字、表达式、字符串等。
  LAMMPS支持多种变量样式，以下是一些常用的样式及其含义：

1. equal：定义一个变量的值为一个表达式或者常量。例如：

   variable temp equal 300.0
   

   这里定义了一个名为temp的变量，其值为300.0。

2. atom：定义一个与原子相关的变量，通常用于访问原子的属性。例如：

   variable x atom x
   

   这里定义了一个名为x的变量，它引用了原子的x坐标。

3. index：定义一个索引变量，它的值在每次引用时都会增加。例如：

   variable i index 1
   

   这里定义了一个名为i的索引变量，初始值为1，每次引用时都会自动增加1。

4. loop：定义一个循环变量，通常与jump命令一起使用，用于在输入文件中创建循环。例如：

   variable j loop 5
   

   这里定义了一个名为j的循环变量，它的值会在1到5之间循环。

5. format：定义一个格式化字符串，用于格式化输出。例如：

   variable msd format %16.8e
   

   这里定义了一个名为msd的格式化字符串，用于以特定的格式输出数据。

6. file：定义一个变量，其值来自一个文件。例如：

   variable params file params.txt
   

   这里定义了一个名为params的变量，其值从params.txt文件中读取。

7. string：定义一个字符串变量。例如：

   variable message string "Hello, LAMMPS!"
   

   这里定义了一个名为message的字符串变量，其值为”Hello, LAMMPS!”。
   变量可以在LAMMPS输入文件的许多地方被引用，通过在变量名前加上$符号来实现。例如，在timestep命令中使用变量ss：

timestep ${ss}

这里，时间步长被设置为变量ss的值。
使用变量可以使得LAMMPS输入文件更加灵活和易于维护，特别是在需要改变模拟参数或者进行参数化研究时。

使用variable的index进行多次重复模拟

8.1.3. Run multiple simulations from one input script — LAMMPS documentation

fix和dump的区别

1. fix命令用于在模拟过程中对系统施加各种约束和操作，也可以用于计算和输出特定物理量（只有特定的几个命令可用），如MSD,fix命令通常在模拟过程中持续作用，直到被删除或模拟结束

fix ID group-ID style args

例：fix 1 all nvt temp 300.0 300.0 100.0 指定进行nvt计算，阻尼系数为100

compute         msd1 Na msd
fix             2 all ave/time 1 1 1 c_msd1[4] file Na_MSD.dat

搭配compute，进行操作，做计算。==理论上，compute+fix能够得到所有可能得到的lammps中已经实现的操作==

fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2 ... keyword args ...

Nevery 每多少步算一次，Nrepeat 平均多少步 Nfreq 每多少步输出一次

---

转载请注明来源 有问题可通过github提交issue