lammps读取设置的方式与vasp不同，vasp是计算之前全部读取，而lammps是逐行读取，在读取每一行后都会进行相应的操作，输入文件读取完毕，lammps结束
一个完整的lammps in.data文件应该包括 系统设置、模拟晶格/建模、相互作用势设置、计算设置/模拟条件、热力学输出与数据处理几个部分
运行lammps使用 -in -in.file
lammps的命令行区分大小写
#号不要乱用
1.系统设置
newton:控制通信; 在read_data 或者create_box后，不能修改 ，默认为on
package 对不同的机器进行加速？ 需要设置在顶部
processors 多进程的命令
suffix
units(重要) 指定文件中的单位 ，设置为metal符合常规理解的单位。
需要在设置建模之前设置，默认为lj 。需要修改为metal，默认的模拟时间步长为 1 fs
2.建模
boundary（重要） boundary x y z
可设置在不同方向上的边界条件 ，默认为 p p p ；p是周期性边界条件 可以设置为两个字母，分别对上下两个表面设置。设置p只能为一个字母。
4.模拟的设置
temp控温器频率的设置
既不能太大（会导致升温出问题）也不能太小（控制太严格，没法跑）
对于大胞应该减小频率的值
路径/public/home/liz/workspace/5_bigmodel_md/test/tdamp
111胞
0.001
0.01
0.1
1
10
100
1000
333胞
0.001
0.01
0.1
1
10
100
1000
666胞
0.001
0.01
0.1
1
10
100
1000
路径 /home/jildxwlxyljlstdui/cccs-share02/lijx/liz/2-Na-X-Si-O/2_NaXSiO_big_model/3_md_for_single_element/13_Sm/1000_444
0.5
10
50
100
1000
velocity 和fix nvt temp tstart tstop
nvt应该先跑升温过程，再跑平衡过程
测试路径：/public/home/liz/workspace/5_bigmodel_md/test/velocity-fix
1_ve_300_fix10001000
2_ve1000_fix10001000
3_ve300_fix3001000
4_ve300_fix6001000
5_without_ve_fix3001000
6_withoutve_fix10001000
5. 输出
1. 输出方式与形式
lammps四种输出类型
thermodynamic output（热力学输出) : 每隔一定时间步 向log或屏幕输出的量，由thermo_style控制
dump files: 按照固定频率输出到文件中的系统的按原子划分的性质，包括坐标和可计算的物理量，如msd等
特定的fix命令也可以用于输出用户定义的量，包括 fix ave/time用于时间平均，fix ave/chunk 空间平均，fix print 用于单行变量的输出
restart files
lammps四种数据类型
global 全局的数据，如温度
per-atom 分原子的数据，如每原子的动能
local 原子组成的部分的性质，如键长
per-grid
lammps数据形式
scalar (标量) vector array（2维）
global scalar/vector/array
per-atom vector/aray
local vector/array
per-grid vector/array
只有global是标量，因为其他的都通过多个划分组合成整体，因此不会是单独某个小区域量
lammps中comuput和fix和variable输出数据的形式
不同种类的组合
lammps中数据引用
不同输出方式可输出的数据类型
thermodynamic output , thermo_style设定预输出数据，也可以输出c_ID f_ID v_name得到的global data
既输出扩展数据也输出归一数据（总能随着体系增大而增加），可以通过thermo_modify norm 来决定是否输出归一化数据
dump file 使用dump + dump modify输出 只能输出per_atom数据
dump local用于输出局部数据
dump grid 用于输出pre_grid data
fix 只有特定几个命令可用于输出
fix ave/time 时间平均，需要输入global data,
fix ave/chunk 空间平均 例如特定的分子，可以是每原子的物理量，如原子贡献 ,
fix ave/histo, 输出全局或每原子或局部的直方图数据
fix ave/correlate,输出时间关联量
fix print 可以输出到log文件也可以输出到特定文件
2. ITEM中xy xz yz的含义
dump command — LAMMPS documentation
用一个正交的格子把三斜格子包围起来，
前两列是正交格子的边界，第三列应该是投影值
6. 跑完后补充新计算的 rerun方法
lammps已跑完，不想重跑，如何补充新的计算？ (qq.com)
用于计算snapshot的新的性质
rerun file1 file2 ... keyword args ...
7. 两个in.lmp输入文件
variable x index 1
variable y index 1
variable z index 1
variable ss equal 0.001
variable tdamp equal "v_ss*100"
variable dmsdx equal c_1[1]
variable dmsdy equal c_1[2]
variable dmsdz equal c_1[3]
variable dmsd equal c_1[4]
variable istep equal step
variable msdx format dmsdx %16.8e
variable msdy format dmsdy %16.8e
variable msdz format dmsdz %16.8e
variable msd format dmsd %16.8e
variable sstep format istep %-10g
units metal
atom_style atomic
boundary p p p
read_data ./data.nso
mass 1 6.941 #important
mass 2 88.91
mass 3 28.084
mass 4 15.999
replicate $x $y $z
pair_style acnn model-5000
pair_coeff * * Li Y Si O #important
thermo 1
thermo_style custom step time temp press pe lx ly lz ke
thermo_modify format 4 %20.15g
compute 1 all msd com yes
dump out all custom 100 A.lammpstrj id element xu yu zu fx fy fz
dump_modify out element 1 2 3 4
dump_modify out format 1 %4d
dump_modify out format 2 %4s
dump_modify out format float %16.8f
velocity all create 600.0 8728
timestep ${ss}
fix 1 all nvt temp 1000 1000 ${tdamp}
fix 2 all print 1 "${sstep} ${msdx} ${msdy} ${msdz} ${msd}" screen no file msd.dat
run 1000000
#variable
variable x equal 1
variable y equal 1
variable z equal 1
variable step_time equal 0.001
variable tdamp equal "v_step_time*100"
# initialize simulation settings
units metal
boundary p p p
atom_style atomic
# define the simulation cell
read_data data.nyso
group na type 1
mass 1 22.99
mass 2 88.91
mass 3 28.084
mass 4 15.999
replicate $x $y $z
# set force field
pair_style nnp SingleModel ./inv2 emap "1:Na,2:Y,3:Si,4:O"
pair_coeff * *
# nvt simulation
velocity all create 800 3
fix 1 all nvt temp 800 800 ${tdamp}
timestep ${step_time}
# rdf calculation
#compute rdf all rdf 100 1 1 1 2 2 2
#fix 2 all ave/time 100 1 100 c_rdf[*] file licl.rdf mode vector
# msd calculation
compute msd1 na msd com yes
fix 2 all ave/time 1 1 1 c_msd1[4] file Na_yes_MSD.dat
compute msd2 na msd com no
fix 3 all ave/time 1 1 1 c_msd2[4] file Na_no_MSD.dat
compute msd3 all msd com yes
fix 4 all ave/time 1 1 1 c_msd3[4] file all_yes_MSD.dat
compute msd4 all msd com no
fix 5 all ave/time 1 1 1 c_msd4[4] file all_no_MSD.dat
# output
thermo_style custom step temp pe ke etotal press lx ly lz
thermo 1
dump 1 all custom 100 lammps.trj id type x y z
log ./log.lammps
run 10000
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