输出
lammps中有四种输出的类型
thermodynamic output :每隔一定时间步 向log或屏幕输出的量 thermo_style
dump files: 按照固定频率输出到文件中的系统的按原子划分的性质,包括坐标和可计算的物理量,如msd等
特定的fix命令也可以用于输出用户定义的量,包括 fix ave/time用于时间平均,fix ave/chunk 空间平均,fix print 用于单行变量的输出
restart files
lammps的数据类型:global,per-atom,local,per-grid
global 全局的数据,如温度
per-atom 分原子的数据,如每原子的动能
local 原子组成的部分的性质,如键长
per-grid
lammps数据的表现形式
scalar (标量) vector array(2维)
global scalar/vector/array
per-atom vector/aray
local vector/array
per-grid vector/array
只有global是标量,因为其他的都通过多个划分组合成整体,因此不会是单独某个小区域量
lammps中comuput和fix和variable输出数据的形式
不同种类的组合
lammps中数据的引用
不同输出方式可输出的内容
thermodynamic output thermo_style设定预输出数据,也可以输出
c_ID f_ID v_name
得到的global data既输出扩展数据也输出归一数据(总能随着体系增大而增加),可以通过thermo_modify norm 来决定是否输出归一化数据
dump file 使用dump + dump modify输出 只能输出per_atom数据
dump local用于输出局部数据
dump grid 用于输出pre_grid data
fix 只有特定几个命令可用于输出
fix ave/time 时间平均,需要输入global data,
fix ave/chunk 空间平均 例如特定的分子,可以是每原子的物理量,如原子贡献 ,
fix ave/histo, 输出全局或每原子或局部的直方图数据
fix ave/correlate,输出时间关联量
fix print 可以输出到log文件也可以输出到特定文件
dump
lamps dump的box bounds并不是真实的晶格的xyz,而是构造了一个能够包围整个倾斜结构的多面体
https://docs.lammps.org/Howto_triclinic.html
用ovito转就可以,原因:转完后再拖回ovito发现盒子三个长度是一样的,说明轴张开的空间和原来相同
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