lammps的输出

  1. 输出
  2. dump

输出

lammps中有四种输出的类型

thermodynamic output :每隔一定时间步 向log或屏幕输出的量 thermo_style

dump files: 按照固定频率输出到文件中的系统的按原子划分的性质,包括坐标和可计算的物理量,如msd等

特定的fix命令也可以用于输出用户定义的量,包括 fix ave/time用于时间平均,fix ave/chunk 空间平均,fix print 用于单行变量的输出

restart files

lammps的数据类型:global,per-atom,local,per-grid

global 全局的数据,如温度

per-atom 分原子的数据,如每原子的动能

local 原子组成的部分的性质,如键长

per-grid

lammps数据的表现形式

scalar (标量) vector array(2维)

global scalar/vector/array

per-atom vector/aray

local vector/array

per-grid vector/array

只有global是标量,因为其他的都通过多个划分组合成整体,因此不会是单独某个小区域量

lammps中comuput和fix和variable输出数据的形式

不同种类的组合

lammps中数据的引用

image-20240415095229408

不同输出方式可输出的内容

thermodynamic output thermo_style设定预输出数据,也可以输出c_ID f_ID v_name得到的global data

既输出扩展数据也输出归一数据(总能随着体系增大而增加),可以通过thermo_modify norm 来决定是否输出归一化数据

dump file 使用dump + dump modify输出 只能输出per_atom数据

dump local用于输出局部数据

dump grid 用于输出pre_grid data

fix 只有特定几个命令可用于输出

fix ave/time 时间平均,需要输入global data,

fix ave/chunk 空间平均 例如特定的分子,可以是每原子的物理量,如原子贡献 ,

fix ave/histo, 输出全局或每原子或局部的直方图数据

fix ave/correlate,输出时间关联量

fix print 可以输出到log文件也可以输出到特定文件

dump

lamps dump的box bounds并不是真实的晶格的xyz,而是构造了一个能够包围整个倾斜结构的多面体

https://docs.lammps.org/Howto_triclinic.html

用ovito转就可以,原因:转完后再拖回ovito发现盒子三个长度是一样的,说明轴张开的空间和原来相同


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