1. 结构转换 STRU-POSCAR
import dpdata
#poscar 转为 stru
ls = dpdata.System(file_name='POSCAR',fmt='poscar')
ls.to(file_name="STRU",fmt='abacus/stru')
#stru 转为 poscar
ls = dpdata.System(file_name="STRU",fmt='abacus/stru')
ls.to(file_name='POSCAR',fmt='poscar')
2. 输入参数
ABACUS新人使用的一些注意事项 - 飞书云文档 (feishu.cn)
快速开始 ABACUS｜自洽 能带 态密度 结构优化 - Bohrium (dp.tech)
赝势文件: PSEUDOPOTENTIALS AND ORBITALS (ustc.edu.cn)
QE输入文件设置网站 ABACUS和QE很像，所以输入文件参考QE即可
三个输入文件
- INPUT
- KPT (QE网站生成)
- STRU 通过脚本从POSCAR转，需要写入赝势的位置
abacus manual 13.1.17 优化参数
a.u 原子单位制
注意STRU的LATTICE_CONSTANT 参数，千万不要自己构建STRU，用转的
官方测试案例：abacus-develop/tests/integrate at develop · deepmodeling/abacus-develop (github.com)
ABACUS的BFGS算法只能固定晶格参数优化原子位置，不能做真正的结构优化
3. 楼下集群使用脚本
#!/bin/sh
#SBATCH --job-name=vasp_job
#SBATCH --output=log.out.%j
#SBATCH --error=log.err.%j
#SBATCH --partition=xieyuib
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=48
source /work/env/oneapi-2022.2.0
source /work/home/liz/software/lammps/torchdemo-new/bin/env_torchdemo
mpirun -n 48 /work/home/liz/software/abacus/abacus-develop-3.4.4/bin/ABACUS.mpi > log 2>&1
/work/home/liz/workspace/3-temporary-duty/6-QE_vs_abacus/24-6-14/2_opt
4. ABACUS的优化
分两步，先固定晶格优化原子位置，可以用bfgs cg SD bfgs+cg ;再优化晶格，只能用cg
abacus 如果把原子位置优化设置为cg，确实是每一步既优化原子位置也优化晶格参数
但是如果把原子位置优化设置为bfgs，是先优化原子位置再优化晶胞
QE里只有bfgs+bfgs ，这种是每一步既优化晶格也优化原子
为什么vasp优化的能量最后不对，因为优化过程中晶格在变化，但是优化过程中的G点网格没有更新，所以最后用的G点网格不适用最后的晶格常数
QE最后会有一步自洽，所以QE的能量是准的
ABACUS优化的能量是不准的，和vasp一样，是G网格的原因
6. ABACUS官方测试结果
ABACUS Test Report (deepmodeling-activity.github.io)
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